A grande mancha vermelha, uma das características mais distintivas da atmosfera de Júpiter, é um vórtice anticiclónico gigantesco que gira no sentido contrário aos ponteiros do relógio, e que tem estado activo pelo menos durante os últimos quatro séculos. No seu interior cabem quase três planetas do tamanho da Terra. Também pode apresentar variações no tamanho, embora ainda não se tenha uma ideia clara dos processos que levam a estas alterações.
Fica a sul do equador de Júpiter, e curiosamente conforme a actividade e a composição das nuvens pode apresentar varias cores, desde o vermelho intenso até um alaranjado ocre. Estas alterações da cor podem dever-se aos gases que ascendem até interacções com a radiação procedente do Sol, e as observações demonstram que a grande mancha vermelha está por cima das nuvens circundantes.
Estima-se que os ventos gerados por este enorme ciclone sopram a uma velocidade entre os 400 e os 500 km/h, e o seu movimento dá origem à criação de outra mancha mais pequena, uma zona de fortes turbulências e de grande propensão a grandes tempestades. Durante todo o tempo que os cientistas têm observado a evolução da grande mancha vermelha, esta não deu quaisquer sinais de se acalmar, e muito menos de eventualmente parar ou desaparecer. Também se torna interessante o facto de este ciclone ter mais 4 graus de temperatura em relação às nuvens que a rodeiam.
Em relação às teorias sobre a origem da grande mancha vermelha, existem várias, embora nenhuma possa ser verificada. Por um lado temos a teoria dos ventos fortes que sopram em Júpiter e que deram origem à mancha vermelha. Por outro lado há a teoria de que um planeta ou asteróide de grande tamanho terá colidido com o planeta, e a sua entrada na atmosfera causou um remoinho que dura até aos nossos dias.
