Fica a sul do equador de Júpiter, e curiosamente conforme a actividade e a composição das nuvens pode apresentar varias cores, desde o vermelho intenso até um alaranjado ocre. Estas alterações da cor podem dever-se aos gases que ascendem até interacções com a radiação procedente do Sol, e as observações demonstram que a grande mancha vermelha está por cima das nuvens circundantes.
Estima-se que os ventos gerados por este enorme ciclone sopram a uma velocidade entre os 400 e os 500 km/h, e o seu movimento dá origem à criação de outra mancha mais pequena, uma zona de fortes turbulências e de grande propensão a grandes tempestades. Durante todo o tempo que os cientistas têm observado a evolução da grande mancha vermelha, esta não deu quaisquer sinais de se acalmar, e muito menos de eventualmente parar ou desaparecer. Também se torna interessante o facto de este ciclone ter mais 4 graus de temperatura em relação às nuvens que a rodeiam.
Em relação às teorias sobre a origem da grande mancha vermelha, existem várias, embora nenhuma possa ser verificada. Por um lado temos a teoria dos ventos fortes que sopram em Júpiter e que deram origem à mancha vermelha. Por outro lado há a teoria de que um planeta ou asteróide de grande tamanho terá colidido com o planeta, e a sua entrada na atmosfera causou um remoinho que dura até aos nossos dias.