Originalmente o emblema tinha duas serpentes enredadas entre si sobre um bastão, a título de homenagem ao deus Hermes (Mercúrio), protector e defensor da ciência e da medicina, assim como da química e da farmacopeia. Este símbolo nasce de uma antiga lenda romana em que o deus Mercúrio encontrou um dia duas serpentes a lutar, e utilizando apenas o seu caduceu (vara ou bastão) conseguiu que ambas se separassem e continuassem cada uma o seu caminho.
Outra das alusões às serpentes, desta vez procedente da Antiga Grécia, diz-nos que estes répteis eram associados à medicina pela sua habilidade de mudar de pele, algo que os gregos associaram ao rejuvenescimento. Com a passagem do tempo o romano caduceu de Mercúrio foi substituído pela taça da deusa grega Higeia (de onde provém a palavra “Higiene”), protectora da saúde e filha de Asclépio, o deus grego da Medicina. Durante algum tempo os curandeiros da antiguidade tiveram como símbolo o emblema de uma mulher (Higeia) rodeada por uma grande serpente cujo veneno era recolhido por uma vasilha, mas com a passagem do tempo este símbolo simplificou-se até ficar apenas a serpente e a taça.
A simbologia da serpente provém da crença que o seu veneno pode ser mortal, mas também pode ser usado como medicamento depois de ter passado por uma transformação, a qual é levada a cabo no interior da taça. Por sua vez, a palavra Farmácia é proveniente do termo grego “fármakon”, usado para definir tanto os medicamentos como os venenos. Por outro lado a palavra Botica é usada noutros idiomas como o holandês (Apothek), o sérvio (Apoteka) ou o sueco (apotek) e provem de “Apotheka”, que significa simplesmente “depósito”.